Sistema tutoral: El Programa opera bajo una modalidad fundamentalmente tutoral, que se caracteriza por un proceso de enseñanza-aprendizaje cuyo diseño combina la transmisión del conocimiento informativo y formativo, con las necesidades propias de cada alumno. La estructura permite un óptimo funcionamiento mediante los dispositivos pedagógicos adecuados y el uso apropiado de los medios disponibles: el trabajo colaborativo en línea; la elaboración de material de apoyo; la relación estrecha que mantendrán los profesores responsables de las UEA y los tutores con sus alumnos mediante asesorías, así como durante los encuentros de alumnos.

Este sistema tutoral requiere de la comunicación horizontal entre los propios alumnos. Las actividades presenciales y colaborativas en línea se reforzarán en reuniones, seminarios, sesiones de discusión, y actividades extracurriculares donde participarán alumnos de los tres niveles, egresados, graduados, y profesores, además de investigadores externos, con el fin de estrechar los vínculos académicos. 

• Trabajo colaborativo en línea: Las actividades no presenciales se pueden realizar en línea, tanto de manera individual como utilizando las plataformas disponibles, diseñadas para el intercambio académico y la colaboración entre alumnos, demanera independiente o bajo la supervisión de los profesores y tutores. 

• Material de apoyo: Los contenidos básicos de cada UEA de los ejes teórico e historiográfico, resultados de las investigaciones del núcleo básico de los profesores-investigadores y de especialistas que apoyan el posgrado, son publicados en los Cuadernos de Posgrado, Antologías y Libros de Texto. Este material es enriquecido con lecturas obligatorias y complementarias e incluye una serie de actividades de creciente complejidad, integradas en el diseño curricular de manera horizontal y vertical, que desarrollan las habilidades del alumno y propician la adquisición de los conocimientos planteados en los objetivos de cada UEA.

• Encuentros de alumnos: Con el fin de fomentar el trabajo colectivo y el intercambio académico entre alumnos, profesores y especialistas, y propiciar la autoevaluación de los alumnos, se organizan Encuentros de alumnos en cada periodo intertrimestral, donde se presentan y se discuten los avances de investigación.

• Seminarios intensivos: En el Doctorado, los Seminarios de Teoría de la Historiografía, Historiografía Política e Historiografía Cultural incluyen a la mitad del trimestre un Seminario intensivo, con el fin de fomentar la investigación, la discusión con especialistas invitados, la capacidad comparativa crítica, así como una visión multidisciplinaria. La participación en los Seminarios intensivos es obligatoria para la acreditación de la UEA.

• Encuentros Internacionales de Historiografía: Cada dos años se realiza el Encuentro Internacional de Historiografía con la participación de los profesores-investigadores del núcleo básico, reconocidos especialistas nacionales y extranjeros, así como los alumnos que hayan entregado el borrador completo de su tesis de maestría o de doctorado.